SNP metoda - razlog zašto je Panorama test kojem možete vjerovati

U krvnoj plazmi trudnice nalazi se njezin izvanstaničan DNK, ali i izvanstaničan DNK djeteta. Radi se o kratkim molekulama DNK koje se u krvnu plazmu oslobađaju uslijed apoptoze (programirane stanične smrti). Majčin izvanstaničan DNK potječe iz razgrađenih masnih stanica i leukocita, a fetalan iz razgrađenih stanica placente. Tijekom NIPT testiranja analiziraju se obje komponente, ali je za otkrivanje kromosomskih poremećaja djeteta nužna analiza dovoljne količine izvanstaničnog fetalnog DNK.

Fetalna frakcija (FF) je postotak izvanstaničnog DNK fetalnog porijekla u majčinoj krvi. Ona je jedan od najvažnijih parametara koji utječe na točnost NIPT testiranja jer ispod potrebnog minimuma FF opada točnost rezultata kod pojedinih NIPT testova tj. mogući su lažni rezultati testa.

Fetalna frakcija varira između 9. i 14. tjedna trudnoće od ~2% do ~20%. Dakle, njezin postotak prvenstveno ovisi o tjednu trudnoće, ali i faktorima kao što su težina trudnice, veličina placente i je li trudnoća jednoplodna ili višeplodna.

Na fetalnu frakciju utječe i tip aneuploidije. Trudnoće s Downovim sindromom imaju višu fetalnu frakciju od prosjeka, dok trudnoće s trisomijama 18 (Edwardsov sindrom) i 13 (Patauov sindrom) imaju nižu fetalnu frakciju od očekivanog prosjeka. Fetalna frakcija također varira ovisno radi li se o trudnoći s materalnom ili pateralnom triploidijom.

Uzimanje antikoagulantne terapije može utjecati na smanjenje fetalne frakcije i povećati rizik za lažne rezultate NIPT testova koji koriste metodu prebrojavanja pa se tada takvi NIPT-ovi ne preporučuju. Zbog svoje mogućnosti da razlikuje fetalnu od majčine DNK, preporučuje se SNP metoda čija preciznost ne ovisi o postotku fetalne frakcije.

Način na koji pojedini NIPT test očitava podatke iz fetalnog DNK te njegov algoritam za izračun podataka je ono po čemu se NIPT testovi bitno razlikuju. Svi NIPT testovi na tržištu provode se tzv. next generation tehnologijom, ali koriste dvije različite metode koje, da bi dale točne rezultate, trebaju različite minimume fetalne frakcije.

1. Metoda prebrojavanja

Metoda koju koristi većina testova na tržištu i kojoj se točnost smanjuje ispod minimuma fetalne frakcije od 8%. Ova metoda ne razlikuje izvanstaničan DNK trudnice od izvanstaničnog DNK fetusa već se one promatraju kao jedna cjelina. Pri niskim fetalnim frakcijama rezultati analize zapravo se odnose na izvanstaničan majčin, umjesto na izvanstaničan fetalni DNK. Što je manje izvanstaničnog fetalnog DNK, teže se uočavaju poremećaji fetalnih kromosoma i veća je mogućnost da test izda lažni rezultat.

a) Masovno paralelno shotgun sekvenciranje (MPSS)

• Temelji se na usporedbi ukupnog izvanstaničnog DNK (i majčinog i fetalog) s referentnim genomom. Pomoću ove metode dokaz aneuploidije je očit kada postoji relativni višak (trisomija) ili deficit (monosomija) u bilo kojem promatranom kromosomu u odnosu na njihov očekivani broj.

b) Mikročip (eng. microarray)

• Starija i najjeftinija metoda određivanja koja koristi novi DANSR algoritam (digitalna analiza ciljanih regija). I kod ove metode promatra se zbroj izvanstaničnog DNK trudnice i fetusa, ali u usporedbi s nekim referentnim kromosom za kojeg se pretpostavlja da je stabilan. Budući da je poznato koliko je neki kromosom veći ili manji u odnosu na neki drugi, promjena u izmjerenom omjeru ukazuje na povećan rizik od kromosomopatije.

2. SNP metoda

Metoda novije generacije kojoj se točnost smanjuje tek ispod minimuma fetalne frakcije od 2,8%. SNP metodom (eng. single nucleotide polymorphism) ciljano se sekvenciraju polimorfne regije tj. promjene pojedinih nukleotida (SNP-ovi), pritom određujući koji se SNP-ovi odnose na trudnicu, a koji na fetus. Za razliku od metode prebrojavanja, SNP metoda se temelji na usporedbi konkretnih genotipova trudnice i fetusa. Kako SNP metoda jedina razlikuje izvanstanični DNK majke od izvanstaničnog DNK djeteta, ona osigurava najmanji broj lažno pozitivnih i lažno negativnih rezultata. Upravo Panorama test koristi ovu metodu što je čini najtočnijim testom na tržištu.

Ako želite saznati više o mogućnostima SNP metode, kontaktirajte nas i poslat ćemo vam detaljnije informacije.

• Uzroci lažno pozitivnih rezultata:
  Neprepoznati nestajući blizanac
  Placentalni mozaicizam
  Mozaicizam spolnih kromosoma trudnice
  CNV – varijacije broja kopija kod trudnice
  Mogući tumori trudnice
  Transplantacija
  Nedostatak validacijske studije

• Uzroci lažno negativnih rezultata:
  Neprepoznati nestajući blizanac
  Niska fetalna frakcija
  Triploidija
  Potpuna molarna trudnoća
  Placentalni mozaicizam
  CNV – varijacije broja kopija kod trudnice
  Blizanačka trudnoća
  Nedostatak validacijske studije

Zahvaljujući svojoj tehnologiji, Panorama izbjegava navedene lažne rezultate.

Rizik za pojedine trisomije odnosno za poremećaj broja kromosoma u zametku raste sa starošću trudnice. Preporuka je da se nakon 36. godine svaka trudnica testira nekim prenatalnim testom. S druge strane, trisomije spolnih kromosoma i monosomija X te mikrodelecijski sindromi pojavljuju se neovisno o dobi trudnice. Zbog velike osjetljivosti NIPT testova znatno je smanjeno izvođenje invazivnih zahvata, a veliki broj napravljenih NIPT-ova omogućio je izradu znanstvenih studija koje su istražile njihove mogućnosti, specifikacije i točnost. Takve znanstvene studije, koje se još nazivaju validacijske studije, važne su za prepoznavanje kvalitete pojedinog NIPT-a te pružaju sigurnost pri izboru NIPT testa.

Validacijske studije Panorama testa obuhvaćaju više od 2.5 puta više trudnica nego svi drugi prenatalni testovi zajedno. Znanstvene studije većine prenatalnih testova rađene su na trudnicama starijima od 36 godina i njihove specifikacije ne vrijede za one mlađe jer je kod njih rizik za aneuploidije i triploidiju manji. Osim toga, većina testova validirana je samo za trisomije 21, 18 i 13 dok za mikrodelecije, koje ti testovi također testiraju, validacija nije provedena. Za razliku od ostalih NIPT testova, Panorama je provela znanstvene studije za sve sindrome koje testira na trudnicama – i mlađima i starijima od 36 godina. Panorama je stoga jedini NIPT validiran za sve dobne skupine trudnica i jedini koji ima validacijske studije za sve sindrome koje testira.